Adoptada con bandera según reunión de cámara municipal del día 6 de enero de 2000, es un rectángulo de color azul claro como fondo, dividido el mismo por una franja con sentido diagonal ascendente que arroja como resultado dos triángulos de igual proporción que abarcan los lados superior-izquierdo e inferior-derecho respectivamente. En el triangulo superior izquierdo destaca una estrella azul de cinco puntas con la inscripción del año de fundación en color dorado. En el inferior derecho destaca el escudo de armas de la ciudad. La primera franja es delgada y de color amarillo, la segunda o del medio es la más ancha y de color azul con cinco estrellas de cinco puntas dispuestas linealmente, y la tercera franja es igual de delgada que la primera pero en color rojo. El fondo de azul claro simboliza el origen de la ciudad asentándose a orilla del río Memo el seis de enero de 1585 y su último asentamiento un día de abril de 1676 en el curso del río Caramacate, cercada de oeste a sur por el río Guárico, alimentándose ambos cursos de agua por pequeños afluentes provenientes del alto valle. También el azul claro simboliza la costumbre y el fervor del pueblo de enarbolar una bandera azul claro como testimonio del inicio de las festividades religiosas en honor a la Santísima Virgen de Nuestra Señora de la Caridad, excelsa patrona de la ciudad. La estrella azul oscuro, de mayor tamaño que las otras con la inscripción en dorado del año de fundación simboliza el origen de la población por conquistadores venidos de una travesía marítima, llegados a América, con el mandato Real de Acrecentar las posesiones de la corona. El escudo de armas de la ciudad resaltando en la parte inferior-derecha posee el sentido de enaltecer la significación expresada en su creación por el insigne hijo de la comarca Ramón Antonio Ziegler Álvarez, quien con su creación del escudo representa a los numerosos y valiosos intelectuales y artistas que San Sebastián ha prodigado a la república. La delgada franja amarilla simboliza a la riqueza material y espiritual que San Sebastián ha aportado a la patria grande mediante el trabajo, la creatividad y la fe de sus hijos. La franja azul representa la constancia por perdurar en el tiempo aún frente a la adversidad. Las cinco estrellas blancas, de cinco punta, (en orden ascendente) la pureza de los primeros habitantes del territorio originario Quiriquires y Tomusas de la etnia Caribe y el afán de progreso. La franja delgada de color rojo simboliza la sangre derramada a causa de los conflictos generados en la conquista, la colonización y la república donde nuestros antepasados tuvieron rol protagónico como individuos y colectivos La disposición armónica de los elementos (forma y color) destacan el carácter del gentilicio del pueblo San Sebastianero el sentido de armonizar diferentes áreas de la felicidad común, desechando enfrentamientos en beneficios de la trascendencia como pueblo unido.
